與繼發(fā)性肥胖癥鑒別，除外某些內分泌、代謝、遺傳、中樞神經系統(tǒng)疾病引起的繼發(fā)性肥胖或因使用藥物所引起的肥胖。從病史、癥狀、體征、化驗可以鑒別。主要鑒別點：上述疾病是病理性疾病，單純肥胖癥是生活方式疾病。

　　1.內分泌疾病 甲狀腺功能低下、垂體及丘腦下部病變、腎上腺皮質功能亢進、男性生殖腺功能低下以及糖尿病患兒均有肥胖表現(xiàn)，但各種內分泌疾病還各有其特點，易于鑒別。有關內分泌和代謝的病理改變，不是單純肥胖癥的早期表現(xiàn)，更不是原因。糖耐量曲線，據此可將其與經常在肥胖者身上常見到的功能性高胰島素血癥相區(qū)別。如疑及內分泌疾病的可能，可結合病情做內分泌功能檢查、頭顱X線攝片、眼底檢查等。

　　在肥胖兒童中還見血漿免疫球蛋白、補體C3和C4及淋巴細胞T和B的數目均低于非肥胖兒童，同時可見血漿銅、鋅水平處于亞臨床水平缺乏，經用補充鋅和銅的制劑后有所改善。月經初潮在肥胖女孩明顯早于同齡非肥胖女孩。

　　2.伴有肥胖的綜合征 如Prader-Willi綜合征，以肥胖、肌張力低下、矮小、手足均小、智能低下、生殖腺發(fā)育不全、斜視等為其主要癥狀。Laurence-Moon-Biedl綜合征有肥胖、智能低下、視覺障礙、指趾畸形等癥狀。

　　3.其他 當生長障礙或身體活動量少、能量需要減少時亦可發(fā)生肥胖，如患骨骼或神經系統(tǒng)疾病時，長期臥床等。